آنالیز شبکه برهمکنش پروتئین - پروتئین بر اساس ژن‌های تغییر بیان یافته در مایع مغزی نخاعی برای بیماری مالتیپل اسکلروزیس

هدف: ام.اس شایع‌ترین بیماری تخریب میلین سیستم عصبی مرکزی است. روش‌های جدید، برای فهم بهتر بیماری‌زایی و معرفی اهداف دارویی جدید ضروری می‌باشند. هدف این مطالعه، استفاده از روش شبکه زیستی به منظور شناسایی نشانگرهای کلیدی جدید درگیر در بیماری‌زایی ام.اس بود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه، پروفایل بیان ژن مایع مغزی نخاعی مربوط به 26 بیمار تازه مبتلا شده به ام.اس و 18 فرد کنترل از پایگاه داده Array Express گرفته و آنالیز شد. ژن‌های متفاوت بیان شده با داده‌های برهمکنش پروتئین-پروتئین تلفیق و زیرشبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین ساخته شد. ویژگی‌های توپولوژیکی شبکه حاصل توسط نرم‌افزار cytoscape مورد آنالیز قرار گرفت. یافته‌ها: با آنالیز پروفایل بیان ژن، 3062 ژن متفاوت بیان شده (0/05FDR<) در مایع مغزی نخاعی بیماران ام.اس در مقایسه با افراد کنترل مشخص شدند که 1080 ژن افزایش بیان و 1981 ژن کاهش بیان داشتند. با ادغام ژن‌های متفاوت بیان شده و داده‌های برهمکنش پروتئین- پروتئین زیرشبکه‌ای با 1440 رأس و 3500 یال ساخته شد. پس از آنالیز ویژگی‌های توپولوژیکی زیرشبکه، پنج ژن جدید که مقادیر بالای پارامترهای مرکزیت را داشتند، به عنوان نشانگرهای کاندید معرفی شدند. این نشانگرها در مسیرهای زیستی نظیر تنظیم دینامیک اسکلت سلولی، چرخه سلولی، اسپلایسوزوم نقش دارند. با بررسی متون، ارتباط نشانگرها در بیماری‌زایی ام.اس تأیید شد. نتیجه‌گیری: بنابراین، آنالیزهای بر پایه شبکه می‌تواند نشانگرهایی را معرفی کند که بتوان آن‌ها را به عنوان اهداف دارویی بالقوه برای ام.اس مورد بررسی بیشتری قرار داد.